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体外诊断之新冠病毒检测,质谱有所作为
疫情让人们认识到体外诊断在疫情防控和疾病诊断的重要性,也使“核酸检测(RT-PCR)”成为千家万户耳熟能详的名词。近日,智利研究人员利用基质辅助激光解吸/电离质谱(MALDI-MS)成功实现了对鼻拭子中新型冠状病毒的可靠检测。
核酸检测是新型冠状病毒(SARS-CoV-2)最广泛、准确的方法、被认为是确诊新冠肺炎的金标准,然而新冠病毒核酸检测(RT-PCR法)操作流程复杂,包括样本采集、接收、核酸提取、RT-PCR体系配置、RT-PCR上机等操作步骤,且整个流程对实验室环境、仪器设备及人员的操作技巧等有着严格的要求,而在一些疫情形势仍旧严峻但资源相对匮乏的国家,并没有足够的条件支持核酸检测的开展。
因此,研究人员希望借助发展中国家临床试验室中常见的基质辅助激光解吸/电离质谱(MALDI-MS)设备和机器学习分析方法来完成新型冠状病毒的检测。
基质辅助激光解吸/电离质谱(MALDI-MS)是一种软电离生物质谱,适用于混合物及生物大分子、有机小分子化合物分子量的测定等,是为生命科学等领域一种强有力的分析测试手段。
研究人员从总共362个样品中获得了质谱图(通过RT-PCR获得211个SARS-CoV-2阳性和151个阴性),使用了两种特征选择方法和六种机器学习方法,然后通过测试确定了性能最高的分析方法,并检验了利用此方法检测SARS-CoV-2检测的准确性。结果显示,支持向量机器模型提供了最高的准确性(93.9%),假阳性为7%,假阴性为5%。
这些数据表明,MALDI-MS和机器学习分析可用于可靠地检测鼻拭子样本中的新型冠状病毒。这种方法操作简单,迅速且直观,作为新冠病毒体外诊断方法,有利于推动使用核酸检测条件受限的国家进行新冠疫情的大规模筛查。
参考文献:Fabiane M. Nachtigall, Alfredo Pereira, Oleksandra S. Trofymchuk, Leonardo S. Santos,Detection of SARS-CoV-2 in nasal swabs using MALDI-MS.Nature Biotechnology, 2020.DOI:10.1038/s41587-020-0644-7