MET 扩增检测：FISH，NGS 和 ddPCR 并行攻坚

本文转自 医脉通肿瘤科
间质上皮转化因子（MET）是非小细胞肺癌（NSCLC）中重要的驱动基因之一，其通过激活多种通路影响肺癌细胞的存活、增殖和侵袭。常见的MET异常包括MET 第14号外显子跳跃突变（MET ex14跳突）、MET 基因扩增、MET蛋白过表达。其中高度MET 扩增可以作为NSCLC的原发驱动基因突变，继发性MET基因扩增/过表达是NSCLC患者经EGFR-TKI治疗的重要耐药机制。本文重点介绍MET扩增的检测方式和样本选择。
FISH用于MET 基因扩增的检测

荧光原位杂交（FISH）是业内公认的检测MET基因扩增的金标准。FISH利用荧光标记的特异核酸探针与靶DNA分子或RNA分子杂交，通过在荧光显微镜或共聚焦激光扫描仪下观察荧光信号1，通过标记MET(和/或七号染色体着丝粒)，计算荧光信号的数量，可以判断MET的扩增情况2。

FISH检测组织中的MET基因扩增

NGS和ddPCR检测MET扩增

随着检测技术的发展，目前已有新型的检测方法应用于MET扩增检测，如二代测序（NGS）和微滴式数字PCR（ddPCR）。

NGS是：DNA二代测序方法可以基于测序深度和特定位点变异频率等信息对检测MET基因拷贝数变异进行计算，首选肿瘤组织样本或细胞学样本3，大多数NGS检测CNV的方法是通过生物信息学分析得出的，这种方法假设测序读取的深度信号与标本中染色体片段的拷贝数成正比。

在晚期后线治疗患者中仅~30%能再次组织活检4，相较于肿瘤组织，血液标本取材简单、从取样到测序的步骤更少、对患者的伤害更小，同时还具有克服肿瘤异质性的优势，但若脱落样本不足时，则可能降低检测敏感度，尤其是ctDNA浓度较低时，检测基因扩增存在一定难度，血液样本需及时处理，否则可能出现DNA降解，这在一定程度上限制了检测应用5。

检测标本：组织和血液

不同的检测方法和样本类型可能会导致MET扩增检出率的差异。一项在EGFR-TKI耐药人群中开展的前瞻性研究探索了组织NGS和FISH检测MET扩增的一致性。结果显示，经FISH和NGS检测确认为MET扩增的患者分别有21例和18例。FISH与NGS的总体一致性为83.6%。与FISH相比，组织NGS检测MET扩增的敏感性和特异性分别为66.7%和91.3%6。该前瞻性研究结果证实，组织NGS和FISH一致性高，敏感性良好，可以基本满足EGFR-TKI耐药后患者的临床检测需求。

组织FISH和NGS检测MET基因扩增一致性研究

在该研究中，通过血液ctDNA NGS检测MET扩增的敏感性仅为14.3%，特异性为100.0%6，提示血液ctDNA NGS灵敏度不佳，需要进一步优化、验证和提升。一项针对INSIGHT2的回顾性研究也证明了这一点。该研究显示，在299例同时具有FISH和血浆NGS检测阳性的样本中，FISH检测的阳性率为50.8%，而血浆NGS检测为12.7%。相较于FISH，血浆NGS在MET扩增检测方面敏感性较低，增加了MET扩增检测难度7。

ddPCR是一种更高灵敏度的检测技术，广东省人民医院杨衿记教授团队开展了一项真实世界临床研究，评估ddPCR在NSCLC患者MET扩增检测中的作用。研究共纳入 87 例NSCLC患者，94 份配对的组织和血浆样本，主要研究终点是分析不同检测方法的一致性。

结果显示，血浆 ddPCR 在 MET 扩增检测中与 FISH 基本一致（灵敏度：74.1%；特异性：92.5%；准确度：87.2%；kappa 值为 0.68），并且优于组织 NGS（kappa 值为 0.64）。结合血浆 ddPCR 和组织 NGS显示与 FISH 基本一致（灵敏度：92.3%；特异性：89.2%；准确度：90.1%；kappa 值为 0.77）。并且在这些通过 FISH 和血浆 ddPCR 检测到 MET 扩增且接受 MET-TKI 治疗的 NSCLC 患者中，观察到疗效相当。该研究提示血浆 ddPCR 是检测晚期 NSCLC 患者 MET 扩增的潜在可靠方法，血浆 ddPCR 和组织 NGS 可能作为 MET 扩增检测的替代或补充方法8。

小结

荧光原位杂交（FISH）是业内公认的检测MET基因扩增的金标准，组织NGS和FISH一致性高，敏感性良好，可以基本满足EGFR-TKI耐药后患者的临床检测需求。相较于FISH，血浆NGS在MET扩增检测方面敏感性较低。血浆 ddPCR 是检测晚期 NSCLC 患者 MET 扩增的潜在可靠方法，疗效预测能力尚需更多研究验证。